有機食品是以有機農業生產體系為前提，有機農業是一種完全不用化學合成的肥料、農藥、生長調節劑、畜禽飼料添加劑等物質，也不使用基因工程生物及其產物的生產體系，其核心是建立和恢復農業生態系統的生物多樣性和良性循環，以維持農業的可持續發展。
國際有機農業運動聯合會（IFOAM）給有機農業下的定義為：
有機農業包括所有能促進環境、社會和經濟良性發展的農業生產系統。這些系統將農地土壤肥力作為成功生產的關鍵。通過尊重植物、動物和景觀的自然能力，達到使農業和環境各方面質量都最完善的目標。有機農業通過禁止使用化學合成的肥料、農藥和藥品而極大地減少外部物質投入，相反利用強有力的自然規律來增加農業產量和抗病能力。有機農業堅持世界普遍可接受的原則，并據當地的社會經濟、地理氣候和文化背景具體實施。因此，IFOAM強調和運行發展當地和地區水平的自我支持系統。從這個定義可以看出有機農業的目的是達到環境、社會和經濟三大效益的協調發展。有機農業非常注重當地土壤的質量，注重系統內營養物質的循環，注重農業生產要遵循自然規律，并強調因地制宜的原則。在有機農業生產體系中，作物秸桿、畜禽糞肥、豆科作物、綠肥和有機廢棄物是土壤肥力的主要來源；作物輪作以及各種物理、生物和生態措施是控制雜草和病蟲害的主要手段。有機農業生產體系的建立需要有一個有機轉換過程。
有機食品與國內其他優質食品的最顯著差別是，前者在其生產和加工過程中絕對禁止使用農藥、化肥、激素等人工合成物質，后者則允許有限制地使用這些物質。因此，有機食品的生產要比其他食品難得多，需要建立全新的生產體系，采用相應的替代技術。有機食品是一類真正源于自然、富營養、高品質的環保型安全食品。

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